В 2002 году, по распоряжению Главы Холмогорского района в старом купеческом доме на набережной, был открыт Холмогорский краеведческий музей. Началом коллекции послужили немногие экспонаты, сохранившиеся от школьного музея, собранные учащимися Холмогорской школы. Дом, в котором сейчас располагается музей, построен заводчиком Д. Ф. Берденниковым в 1906–1908 году и является памятником регионального значения.

В здании сохранились предметы интерьера, заложенные первоначальным владельцем. Второй этаж занимают экспозиции — 7 залов, рассказывающие об истории Холмогор, жизни местных жителей, об известных людях и промыслах. Есть небольшой выставочный зал. Сейчас в музее насчитывается 941 предмет основного фонда и 762 вспомогательного фонда. Проводятся различные мероприятия и экскурсии, мастер-классы, выставки.

Холмогоры — одно из древнейших поселений на Беломорском севере. В музее можно прикоснуться к истории славного поморского края, ознакомиться с происхождением знаменитой Холмогорской породы крупного рогатого скота, косторезного промысла, узнать о секретах архиерейских палат.