7 апреля 1962 года на базе Медвежьегорской школы-интерната № 4 был открыт Медвежьегорский историко-краеведческий музей. Руководителем школьного музея был учитель географии Виктор Петрович Ершов. Ребята во главе с учителем ходили в походы по району и собирали экспонаты. Постановлением Совета Министров Карельской АССР в 1969 году школьный музей был преобразован в филиал Государственного историко-архитектурного и этнографического музея-заповедника «Кижи». В 1977 году музей вновь пережил преобразования и стал филиалом Карельского государственного краеведческого музея. С 1991 года организация приобрела самостоятельность и получила новое название — Медвежьегорский городской музей.
На сегодняшний день в музее насчитывается более 16 тыс. единиц хранения основного и научно-вспомогательного фондов. Учреждение располагает большой коллекцией икон, привезенных из Заонежья, Выгореции и Сегозерья, вышивок Заонежья, экспонатов из глины, керамики, металла и дерева, предметов домашней утвари и мебели разного времени. Имеется богатая коллекция предметов из деревень Сергиево и Данилово. В фондах хранятся документы, фотографии, письма, печатные и рукописные издания, открытки, монеты.
В пяти залах музея организуются выставки и экспозиции различной тематики. В настоящее время работают постоянные экспозиции: «На рубеже веков», «Маленький город в большой войне», «Беломорско-Балтийский канал», «Заонежские узоры».