Музей игрушки был основан в Москве в 1918 г. Основатель музея — художник, коллекционер, музейный деятель Николай Дмитриевич Бартрам. Н.Д. Бартрам начал собирать свою коллекцию в начале 1910-х. Первоначально Музей игрушки начал формироваться еще в квартире самого художника и коллекционера на Садовом кольце.
Музей был открыт для публики 17 октября 1918 г. в доме № 8 по Смоленскому бульвару, но все же был открыт для посетителей только в 1921 году, а через три года, в 1925 году, переехал в новое помещение на Кропоткинской улице. Здесь музей игрушки был открыт 5 января и расширил свои площади до 5 залов и 600 кв. м., занятых под экспозиции.
В марте–апреле 1922 года принял участие на Всероссийской художественно-промышленной выставке, устроенной Академией художественных наук в ее научно-показательном отделе. Осенью 1925 года и зимой 1926 года в стенах музея были организованы просмотры всех кукольных театров Москвы, а в марте–апреле 1927 года работала выставка кукольных театров, во время которой проходили кукольные спектакли.
Во главе музея Н.Д. Бартрам оставался до самой своей смерти в 1931 году. В 1931 году учреждение было переведено из Москвы в подмосковный Загорск. С 1980 года по сегодняшний день музей находится в старинном особняке бывшего коммерческого училища над Келарским прудом.