Музей истории города Кандалакши был основан как народный музей в 1971 году по инициативе жителей города во главе с Иваном Федоровичем Степановым, который и стал его первым директором.
В 1974 году народный музей вошел в состав Мурманского областного краеведческого музея и получил новый статус: отдел истории города Кандалакши. Первой заведующей отделом была Людмила Владимировна Дубровская.
В январе 2000 года Областной краеведческий музей передал отдел истории города Кандалакши городской администрации. С этого периода начался новый период деятельности учреждения.
Музей располагает двумя постоянно действующими экспозициями: «Промыслы и быт поморов», где представлены предметы быта ХIХ–ХХ веков, одежда, промысловое снаряжение рыбаков и охотников, и «Боевые действия на Кандалакшском направлении», где отражена военная история края периода Великой Отечественной войны.
В выставочных залах музея размещаются тематические выставки, проводятся музейные занятия и лекции по краеведению.