Экспозиция начинается с комплекса антропоморфных стел эпохи бронзы. Уникальными экспонатами являются: так называемый, «Идол из Верхоречья» и огромная закладная плита-антропоморф из степного Крыма.
Следующий комплекс, представляющий памятники эпохи раннего железа и эллинизма, состоит, в основном, из надгробных стел ранних и поздних скифов. Наиболее ценными экспонатами являются стелы с рельефными сюжетными изображениями, относящимися к культуре погребений знати из среды поздних скифов.
Архитектурные детали, надгробья с изображениями и надписями, фрагменты алтарей – представляют лапидарные памятники эпохи античности. Небольшая группа христианских надгробий относится к византийскому периоду истории Крыма. Самым интересным экспонатом в этом разделе является большой фрагмент мозаичного пола базилики XII века из Семииза. Половецкие антропоморфные изваяния или балбалы, в основном, происходят из раскопок степного Крыма, интересно, что самый «южный» половецкий балбал был обнаружен под Евпаторией.
В следующем большом разделе лапидария представлены памятники позднего средневековья: в основном мусульманские надгробия и архитектурные фрагменты различных построек. Особый интерес представляет редкое среди надгробий так называемое двурогое с надписью старо-арабскими буквами и группа надгробий с изображениями родовых знаков – тамг. Для истории наиболее загадочного крымского государства, известного в науке под именем «княжество Феодоро», важным и ярким экспонатом является архитектурный фрагмент с посвятительной строительной надписью 145 года.
Из экспонатов, относящихся к XIX веку, наиболее интересны фрагменты мраморных медальонов, которые до 1920-х годов были вмонтированы в Долгоруковский шпиль – самый старый памятник города Симферополь. В заключительном разделе лапидария показан комплекс изделий из камня хозяйственного назначения (молотильные камни, зернотерки и т.д.) и комплекс керамических пифосов.
