Фильм «Тринадцать» начали снимать по заказу Иосифа Сталина. Он увидел военно-приключенческую картину «Потерянный патруль» режиссера Джона Форда и попросил главу кинокомпании «Совкино» Бориса Шумяцкого снять советскую версию этого фильма. Съемки киноленты поручили режиссеру Михаилу Ромму. Позже он вспоминал в статье «Как я стал режиссером»:
— Один товарищ, кто именно, не имеет значения, видел одну американскую картину, — сказал Шумяцкий, — Действие происходит в пустыне, американский патруль погибает в борьбе с туземцами, но выполняет долг. Картина империалистическая, истеричная, но высказано мнение, что нужно сделать примерно в этом роде о наших пограничниках. Беретесь? Сценарий будете писать вместе.
— А картину посмотреть можно?
— Нет, она уже отправлена обратно. Но это неважно. Важно, чтобы была пустыня (у нас есть превосходные пустыни), чтобы были пограничники, басмачи, и чтобы почти все погибли. Почти все, но не все, товарищ Михаил, это вы учтите!»
Михаил Ромм и сценарист Иосиф Прут написали сценарий о том, как идет борьба с басмачеством — военно-политическим партизанским движением населения Средней Азии против советской власти.
Съемки фильма начались в 1936 году. Все сцены снимались в пустыне Каракум, недалеко от столицы Туркменистана — Ашхабада. Единственную женскую роль в этой картине исполнила Елена Кузьмина.
Кинолента Михаила Ромма считается одним из первых истернов — советских приключенческих фильмов, действие которых происходит в Средней Азии. Фильмы так назывались по аналогии с фильмами-вестернами, где съемки проходили на Диком Западе.
