Единственный сохранившийся от бывшего монастырского комплекса храм Николы расположен при впадении реки Мсты в озеро Ильмень, на живописном острове, образуемом ее протоками. Это место издавна называлось Липно. Постройка церкви явилась для Новгорода важным событием — это был первый каменный храм, воздвигнутый после более чем полувекового безмолвия, вызванного тяжелой политической обстановкой в условиях войн и монгольского нашествия.
В строительстве храма продолжены традиции новгородского зодчества XIII века, но с привнесением ряда «модных» элементов переходного романо-готического стиля. Такие заимствованные формы, как сомкнутый свод, крестообразные проемы в нишах и керамические кресты составляют особенности облика церкви Николы на Липне.
Росписи Никольской церкви — единственный дошедший до нас ансамбль древнерусской стенописи XIII века. Время и Великая Отечественная война не пощадили ансамбль росписей, от которого уцелела лишь небольшая часть, в основном сосредоточенная в алтарной части; небольшие фрагменты сохранились на стенах наоса.
В годы Великой Отечественной войны церковь оказалась на линии фронта и подверглась мощному артиллерийскому обстрелу. В 1960 году была проведена архитектурная реставрация под руководством Л.М. Шуляк.
Памятник с 1992 года является объектом Всемирного культурного наследия ЮНЕСКО.
