Музей фресок Дионисия расположен на территории Ферапонтова монастыря, основанного на стыке XIV–XV веков и являвшегося одним из самых главных религиозных центров в Белозерском крае.

С 2000 года Ферапонтов монастырь находится под охраной ЮНЕСКО. Поводом для включения в список Всемирного наследия стали прекрасно сохранившиеся уникальные фрески московского живописца Дионисия, в начале XVI века расписавшего собор Рождества Богородицы.