Идея создать музей зародилась в середине 1980-х годов XX века с целью наиболее полно представить богатую историю станицы Полтавской и Красноармейского района. С 1994 года музей располагался в здании бывшего магазина «Природа» на улице Ковтюха (ныне торговый комплекс «Радуга»), хотя специальных залов для экспозиций и хранилищ тогда не существовало. Тем не менее, процесс сбора экспонатов продолжался активно.
Первоначально, лишь 29 октября 1998 года, на третьем этаже Дома культуры была открыта первая постоянная экспозиция, посвященная героизму кубанских солдат в годы Великой Отечественной войны.
В ноябре 2002 года было принято решение выделить отдельное здание для музея, которое раньше использовалось как Дом пионеров. Торжественное открытие состоялось 7 марта 2003 года.
В настоящее время музей имеет постоянную экспозицию, распределенную по четырем залам: «Археология Кубани», «История Полтавского куреня», «Станица в годы Великой Отечественной войны», «На страже Отечества во все времена». Помимо постоянной экспозиции, в музее оборудованы два выставочных зала, предназначенные для временного размещения экспозиций и проведения лекций.
