Верхнетоемский музей был открыт 9 мая 1985 года в селе Верхняя Тойма. Он создавался на основе комнаты боевой и трудовой славы, организаторами которой были ветераны войны и труда райцентра. С 1985 по 1991 год на общественных началах музеем руководили Аристова Мария Петровна и Некрасова Зинаида Петровна. С 1991 по 1994 год музей функционировал как отдел районного Дома культуры. В 1994 году было принято решение о создании муниципального музея с центром в Верхней Тойме и филиалами в селе Вознесенском и деревне Кондратовской.
С передачей районному музею в 2010 году здания, расположенного на улице Кулижского, основные экспозиции также переместились в это здание. В 2018 году музею дополнительно были переданы еще два больничных здания. Таким образом, появилась возможность объединить территорию в музейных комплекс. Значительную часть фонда составляет этнографическая коллекция: коллекция бранного ткачества (полотенца, детали одежды), золотного шитья местных рукодельниц конца XIX — начала XX века. Интересен фотофонд музея: собираются фотографии как XIX века, так и XX века различной тематики. Фотофиксацией событий, мест и прочего музей занимается с 2008 года.