Музей располагается в здании лютеранской церкви, построенной в середине 1930-х годов. Сейчас это памятник регионального значения.
Музей работает с 1986 года. Из предметов второй половины XIX — начала ХХ в. наибольший интерес представляют экспонаты, помещенные в интерьерах латгальской и русской изб в экспозиционном зале: плетеная обувь, тканые предметы, а также подлинный герб с пограничного столба русско-латвийской границы 1930-х гг. Интересны также комплексы фотографических материалов, связанные с историей города и городской государственной гимназии 1930-х гг., когда Пыталовский район входил в состав Латвийской Республики. Период 1941–1945 гг. наиболее интересно представлен фронтовыми письмами земляков и участников освобождения района и города от немецко-фашистских войск.
Собственные фонды музея — 2 340 экспонатов. Безвозмездно предоставленных музейных предметов из коллекции Псковского музея-заповедника для их экспонирования и хранения — 8 755 экспонатов.