Создан осенью 1904 г. как музей наглядных пособий «Обществом попечения о детях», возглавляемым общественным и политическим деятелем Кубани В.И. Луниным. Музей имел около сотни экспонатов и располагался в одной из комнат Армавирской женской гимназии. Постепенно расширяясь, он несколько раз менял адрес и, наконец, обосновался в Пушкинском училище.

В 1911 г. он изменил название и стал называться «Армавирский музей научных и прикладных знаний в память 19 февраля 1861 г.». В 1920 г. был взят на государственное содержание, в 1928 г. получил прекрасное здание на углу ул. Ленина и К. Маркса.

В августе 1942 г. при налёте фашистской авиации музей был разрушен, полностью погибли фонды. В 1948 г. ему был временно предоставлен уцелевший особняк по ул. Ленина, 114, где он находится по сей день. В ноябре 1949 г. он вновь открыл свои двери для посетителей.

Все экспонаты, составляющие основной и вспомогательный фонды, собраны послевоенным коллективом музея. В музее собрана коллекция палеонтологических находок. Уникальная коллекция скифских и половецких каменных изваяний. Украшением музейного фонда является коллекция отечественного и иностранного оружия XVIII–XX вв. Коллекция предметов изобразительного искусства включает три этюда выдающегося русского художника М.В. Нестерова. Представляет интерес коллекция икон XIX — начала ХХ в.