История театра началась в 1987 году. Тогда Московскому молодёжному экспериментальному театру-студии было выделено здание на Спартаковской площади. За всю послевоенную историю в Москве появилось всего несколько новых государственных театров, поэтому театр-студия на Спартаковской стал совершенно уникальным примером: здесь возможность создать самостоятельный театр представилась не прославленным мэтрам сцены, а вчерашним выпускникам Училища имени Щепкина. Художественным руководителем становится Светлана Врагова – ученица Ю. А. Завадского.
Первые спектакли нового коллектива показали, что эксперимент удался. Постановки «Дорогая Елена Сергеевна», «…Ищет встречи», «Расплюевские весёлые дни» принесли театру известность.
В 1995 году на сцене театра появляется «Катерина Ивановна». Спектакль по пьесе Л. Андреева становится программным для театра и знаменует новую страницу в его истории: стиль русского модерна становится «визитной карточкой» коллектива.
На рубеже 2000-х годов выходят спектакли «Счастливое событие» С. Мрожека со Спартаком Мишулиным в главной роли, «Петля» по пьесе Рустама Ибрагимбекова, «Старый дом» по пьесе Алексея Казанцева. Постановки вызывают большой интерес у зрителя, на долгие годы становятся основой репертуара.
В 2007 году на сцене театра режиссёр Борис Щедрин ставит «Дядюшкин сон» по Достоевскому – спектакль, созданный под великого Владимира Зельдина. Спектакль шёл на протяжении 10 лет и неизменно собирал полный зал. А когда в октябре 2016 года актёр скончался, «Дядюшкин сон» стал своеобразным прощанием театра и зрителей с ушедшим мэтром. Публика отказалась возвращать билеты после смерти артиста, и было принято решение спектакль не отменять. Он состоялся: зрители увидели на сцене видеозапись с Владимиром Зельдиным, сделанную на его спектаклях в театре, которую сопровождала игра артистов на сцене.
В декабре 2016 года новым художественным руководителем театра «Модерн» был назначен Юрий Грымов. «Я считаю, что театр – это не здание. Это, прежде всего, люди, которые там работают и которые приходят на спектакли. В театре должна быть жизнь. Поэтому мы убираем из логотипа последнюю букву «ъ» и говорим, что мы театр «Модерн» – то есть современный», – из выступления Ю. Грымова на пресс-конференции в ТАСС, 1 февраля 2017 г.
