Выставка «Из глубины веков»

Основная экспозиция музея «Из глубины веков» состоит из нескольких разделов: палеонтология, археология, этнография, история города. Выставка рассказывает историю земли, на которой стоит город Нягань, с пермского периода (например, в палеонтологическом разделе выставлены окаменелые остатки морских обитателей, найденные на территории города) и до наших дней (дополнительно — фотоархив «История г. Нягани»). Отдельного упоминания заслуживают макет «сибирской Трои» — Эмдера, столицы Эмдерского княжества, и макет Свято-Троицкой церкви Кодского монастыря, миссионерского центра Сибири.