Ямальский районный музей основан 27 августа 1991 года на основе коллекции школьного музея. Результатом работы музея являются несколько десятков музейных выставок из собственных фондовых коллекций и передвижных выставок из фондов МВК им. И.С. Шемановского г. Салехарда, сотни статей в газетах и журналах, научных сборниках, археологические и этнографические экспедиции.
В целом в фондовое собрание музея входят фотодокументальные коллекции с архивным фондом письменных источников первых лет Советской власти и периода развитого социализма, редкие книги, чёрно-белые фотографии конца XIX и начала XX веков, археологические, естественно-научные (ископаемые останки древних вымерших животных), историко-бытовые и этнографические коллекции, в т. ч., одна из лучших среди музеев ЯНАО коллекция культовых предметов ямальских ненцев.
За эти годы музей стал известен не только на Ямале, с ним сотрудничают учёные и музееведы ЯНАО, Москвы, Томска, Екатеринбурга, Барнаула, Тюмени, Тобольска, а также США, Финляндии, Германии и т. д. Ежегодно музей посещают более 5 тыс. человек.
Самые уникальные экспонаты музея: редкие документы, относящиеся к экспедиции П.П. Крузенштерна 1862 г. к берегам Ямала, в т. ч. Свидетельство на имя П.П. Крузенштерна о присвоении ему звания лейтенанта флота, Свидетельство о награждении Сейча Сэротэтто серебряной медалью «За Усердие» (1863 г.) за спасении команды шхуны «Ермак» в 1862 г., археологические коллекции памятников «Вары Хадыта», «Яртё-VI», «Юрибей» и др.; этнографическая коллекция культовых предметов ямальских ненцев; коллекция каменных, бронзовых и железных наконечников стрел IV–XVII вв.; ненецкая зимняя ягушка, отороченная мехом собаки (XIX в.); медно-литая коллекция икон XVIII–XIX вв.; бронзовая коллекция женских украшений X–XII вв., редкие книги: Псалтырь XVII века, Русско-ненецкий и ненецко-русский словарь Г.Д. Вербова 1936 года, Книга «Новый Завет» (1896 г.); различные предметы быта первых русских переселенцев конца XIX — начала XX вв.: самопрялки, тальянка, тульские самовары А.А. Погожева и товарищества В.И. Баташева, швейная машинка «Зингер» 1910 г.; медная, керамическая и деревянная посуда, женский комплекс из Архангельской губернии, чёрно-белые фотографии первой Ямальской культурно-хозяйственной базы 1930-х годов и др.
