Музей был создан в ноябре 1908 г. Ранее он имел названия: естественноисторический, естественноисторический им. Пржевальского, природы местного края. Музей формировался по принципу многопрофильности. В первые годы его становления комплектуются зоологические, минералогические, археологические коллекции. Но особый акцент делается на гербарий, он объединял 10 000 экземпляров растений.