Дата образования музея — 2 октября 1967 года. Первыми музейными предметами были зубы мамонта, найденные школьниками на берегу реки Камы в 1960 году.

С 1996 по 2012 годы в музее ежегодно открывались выставки на материалах собственных фондовых коллекций, а также других музеев и частных собраний, велась работа по комплектованию музейных фондов.