Русский и советский военный дирижер и композитор, полковник. Родился в семье крестьянина-батрака. Рано осиротел, скитался вместе с братьями и сестрами.

В 1894 г. был зачислен воспитанником в духовой оркестр 308-го Царевского батальона в Астрахани. С 1899 по 1910 гг. В. Агапкин несколько раз менял места службы — Аварский резервный батальон в Махачкале, 82-й пехотный Дагестанский полк в Грозном, 45-й Драгунский Северный полк в Александрополе, 43-й Драгунский Тверской полк под Тифлисом, 16-й Драгунский Тверской полк.

В декабре 1909 года, по окончании срока службы, Агапкин оказался в Тамбове. Там 12 января 1910 года он поступил на сверхсрочную службу штаб-трубачом в 7-й запасный кавалерийский полк, а с осени 1911 года без отрыва от службы стал заниматься в классе медных духовых инструментов Тамбовского музыкального училища. Вскоре стал капельмейстером оркестра своего полка.

В 1912 г. под впечатлением от начавшейся Первой Балканской войны написал марш «Прощание славянки», который очень быстро обрел колоссальную популярность.

После победы Октябрьской социалистической революции Василий Агапкин в 1918 году добровольно поступил в Красную армию и организовал духовой оркестр в 1-м Красном гусарском Варшавском полку.

В 1920 году Агапкин вернулся в Тамбов; руководил музыкальной студией и оркестром ВЧК. В 1922 г. переведен в Москву и до самой своей отставки в 1955 г. возглавлял различные оркестры по линии войск ВЧК-ОГПУ-НКВД-НКГБ. В 1924 году участвовал в похоронах Ленина. В 1928 году организовал духовой оркестр из беспризорников. В 1941–42 гг. был начальником оркестров дивизии ОМСДОН НКВД и в этой должности был главным дирижером сводного оркестра на историческом параде на Красной площади 7 ноября 1941 г. Также был участником Парада Победы 24 июня 1945 г.

В. Агапкин написал много маршей и пьес для духового оркестра, но ни одно его произведение не смогло даже приблизиться по известности к знаменитому «Прощанию славянки».