В октябре 1939 года после престольного праздника Покрова Пресвятой Богородицы, храм был закрыт, колокола сброшены, иконы сожжены, духовенство репрессировано. На многие годы храм был превращен в склад, и местные власти несмотря на многочисленные просьбы, не собирались возвращать его православному люду. В мае 1989 года, в день памяти святителя Николая Чудотворца, в колокольню ударила шаровая молния и она рухнула, разрушив своды храма. Склад срочно эвакуировали, а остатки храма передали Церкви.
Богослужения в храме возобновились ровно через 50 лет после его закрытия. Осенью 1989 года, в Престольный праздник Покрова Пресвятой Богородицы, была отслужена первая Божественная Литургия. С тех пор Собор активно восстанавливается.