Музей природы Байкальского заповедника основан в 1971 году. Экспозиции демонстрируют основные природные комплексы заповедника и направления научных исследований, проводимых сотрудниками.
В центре размещен макет озера Байкал, дающий возможность представить расположение горных систем и рек Байкальской природной территории. Зоологическая коллекция и гербарии знакомят с растительным и животным миром заповедника. Здесь можно увидеть уникальную коллекцию байкальской орнитофауны, насекомых, животных, узнать о ботанических достопримечательностях Байкальского заповедника — реликтах доледниковой эпохи и эндемиках.
Наиболее полно представлена орнитологическая коллекция — 104 экспоната. Огромную ценность имеет материал по теме «Лесопатологический мониторинг». Оформление музея подчинено принципу показа основных природных комплексов заповедника. Большую часть территории заповедника занимает горная система хребта Хамар-Дабан с развитой сетью рек и озер, и лишь незначительную часть представляют прибайкальские террасы с многочисленными сфагновыми болотами.
Одна из экспозиций отражает богатейший опыт ботанических исследований по инвентаризации растительных сообществ и сохранению видового разнообразия флоры. Растительный покров заповедника интересен наличием представителей реликтового комплекса и узкоэндемичных видов, поэтому показаны как отдельные гербарные образцы, так и растения в составе сообщества.
